Нежеланите странични ефекти на оралните контрацептиви обикновено са бързопреходни, в лека форма и не създават дълготраен дискомфорт. В повечето случаи оплакваният отзвучават в рамките на 2-3 месеца от началото на контрацептивния прием. При продължителна изява на неблагоприятен страничен ефект се препоръчва подмяна на хапчето с друго с по-ниско съдържание на естрогена. Друг подход е да се смени гестагенът при комбинираните препарати.
Най-често срещаните странични ефекти на оралните контрацептиви са резултат от естрогеновата съставка. Честотата на вредностите при жени, приемащи противозачатъчни, е около 80%. Добрата новина е, че повечето от естрогеновите странични ефекти се купират от гестагеновата съставка.
Един от страничните ефекти на естрогените е задръжката на течности поради анаболния им ефект, което може да се изрази с отоци по глезените и наддаване на тегло с около 2-3 кг. Излишната течност се премахва обаче, по време на паузата между първия и втория блистер. Неправилното и необилно кръвотечение, наречено спотинг, също е възможно да се срещне през първия месец от приема на контрацептиви (особено при ултраниски дози на естрогена). То не налага лечение.
Венозният тромбемолизъм (запушване на кръвоносен съд) като сериозен страничен ефект на оралните контрацептиви е нашумяла тема. Фактите са следните: при прием на етинилестрадиол в доза от 35 мкгр честота на венозния тромбемболизъм е 2,5 на 10 000 (или около 0,025%). Също така рискът е дозово-зависим, което ознавача, че при ултраниско дозираните препарати, той е още по-нисък. Все пак при жени с варикозни изменения по долните крайници (разширени вени), затлъстяване, данни за пушене, дислипидемия, залежаване, анамнеза за тромбемболични инциденти и преди и след оперативни интервенции правилния подход е препарат с минимална естрогенова компонента или промяна на вида контрацепция.