Колонизацията на чревния тракт с различни микроорганизми започва още с раждането. Около 3-годишна възраст чревната микрофлора достига своя относително постоянен състав, който наподобява до голяма степен този при възрастните, тъй като остава сравнително стабилен във времето. Въпреки относителното равновесие в състава на микрофлората, тя може да варира в голяма степен при всеки човек.
Промените в състава на чревната флора играе роля в патогенезата на редица психични заболявания и разстройства - обсесивно-компулсивно разстройство, тревожност, анорексия, заболявания от аутистичния спектър, синдром на хиперактивност и други.
Данните показват, че симптоми от страна на стомашно-чревния тракт като коремна болка, повишено газообразуване, диария, запек и други се откриват като коморбидност от 20 до 70% от децата с аутизъм. В тази връзка се включва и механизмът на „пропускливите черва” при пациенти с разстройство от аутистичния спектър и техните роднини се установява по-голяма честота на повеишена пропускливост на червата.