Аналният секс създава особено по-висок риск от трансмисия на различни инфекции в сравнение с други видове сексуални актове.
Основните рискове при този акт идват от особеностите на аноректалната мукоза – поначало тя няма добра лубрикация и дебелината на лигавицата не предвижда високи съпротивления. При анален секс лесно се травматизира и досегът с подлежащите тъкани и кръв създава условия за по-лесна трансмисия на инфекции и у двата партньора.
Според някои източници при анален секс рискът за заразяване с ХИВ е 30 пъти по-висок. Освен това трябва да се има предвид и богатата микробиота в аноректалната лигавица, която при попадане в мъжката уретра може да причини различни инфекции. При мъжете по-голямата дължина на уретрата се свързва с по-добро отмиване на попадналите бактерии при уриниране, и все пак аналният секс създава голям риск от колонизация на пикочните пътища.